Prof. Jiří Macháček patří k předním odborníkům v oblasti raně středověké archeologie, archeologické metodologie a počítačové podpory. Věnuje se počátkům slovanského osídlení našich zemí a Velké Moravě – nejen jejímu vzniku a rozmachu, ale i dosud nevysvětlenému kolapsu. Jako jeden z prvních zaváděl informační technologie do humanitních věd. Již v roce 2000 založil konferenci Počítačová podpora v archeologii a začal tento obor vyučovat na našich vysokých školách. Za svou pionýrskou práci byl dvakrát oceněn americkou softwarovou firmou Integraph (The Intergraph Best Practices Awards). Pod jeho vedením se Ústav archeologie a muzeologie FF MU stal jedním z nejúspěšnějších univerzitních pracovišť v zemi, které se v mezinárodních oborových žebříčcích pohybuje mezi 150. (2019) a 230. (2022) místem na světě (QS World University Rankings by Subject: Archaeology), tzn. vysoce nad běžným národním standardem. Nejvýznamnější vědecký objev, který on a jeho tým učinil, vyvolal celosvětovou pozornost. Na jihomoravské lokalitě Lány odkryl doklady o prvním kontaktu lidí slovanského způsobu života s písmem. Překvapivě se jednalo o germánské runy, které byly vyryty na zvířecím žebru. Tento unikátní artefakt byl dokumentován a validován pomocí kombinace různých metod: tafonomie s mikroskopií SEM, radiokarbonovou metodou i analýzou zvířecí aDNA, čímž byl vytvořen nový standard pro výzkum runových textů. Nález je prvním nápisem staršího futharku (runové abecedy) objeveným v jiném než germánském kontextu, což naznačuje, že se předkové slovansky mluvících obyvatel střední Evropy setkali s písmem mnohem dříve, než se myslelo. Objev publikoval pod vedením J. Macháčka mezinárodní tým tvořený vědci z České republiky, Švýcarska, Rakouska a Austrálie v předním světovém časopise Journal of Archaeological Science
Runová kost z Lánů byla v médiích prezentována jako jeden z hlavních archeologických objevů roku 2021.